Sünnet cerrahi bir işlemdir bu nedenle ya üroloji uzmanları ya da çocuk cerrahları tarafından yapılması doğru olacaktır. Sünnet her yaşta yapılabilmekle birlikte 2-6 yaş arasındaki çocuklara önerilmemektedir. Bunun en önemli nedeni 3-5 yaşlarında çocuğun ilk ergenlik dönemi olarak tanımlanan cinsel kimliği tanıma dönemi olmasıdır. İleri yaşlarda bazı kaygı ve cinsel gelişim bozuklukları yaşamaması adına bu yaşlarda sünnet önerilmez.
Yenidoğan dönemi; cerrahi işlemin rahatlığı, yara iyileşmesinin çabuk olması, sünnet sonrası bakımın kolaylığı ve henüz kişilik oluşmadığı için psikolojik travma oluşturmaması nedeniyle sünnet için ideal dönem olarak kabul edilmektedir. Sünnet genel ya da lokal anestezi altında yapılabilir. Sünnet yenidoğan dönemi dışında genel anestezi altında yapılmalıdır. Bu çocukta travma yaratmasının önüne geçmek için önemlidir. Lokal anestezide hangi koşullarda ve yaşta yapılırsa yapılsın çocukta penisine yapılacak olan iğne yüzünden büyük korku ve panik yaşatmaktadır. Bu psikolojik olarak çocuğu etkileyebilmektedir.
İdeal sünnet cerrahi sünnettir. Halk arasına estetik sünnet olarak da tariflenen sünnet cerrahi sünnettir. Sünnet hastane koşullarında ve hatta ameliyathanede yapılması gereken bir işlemdir. Peygamber sünneti olarak da bilinen hipospadias da sünnet kesinlikle yapılmamalıdır. Çünkü hipospadiasın onarılması sırasında sünnet derisi yama yapmak ve katları kapatmak için kullanılmaktadır.
Sünnet öncesi özel bir hazırlığa gerek olmamakla birlikte ailede kanama bozukluğu veya çocukta böyle bir öykü var ise ayrıntılı kanama testleri yapılmalı sünnet öyle planlanmalıdır. Sünnet sırasında kendiliğinden eriyip düşen dikiş ipleri kullanılır. Bunun dışında, sünnet klempleri, lazerle sünnet gibi birçok metod vardır. Fakat en ideali cerrahi sünnettir. Sünnetten 1 gün sonra hasta duş alabilir. Sünnetten sonra ki 3 gün süresince ağrı kesici ve antibiyotikli kremler önerilmektedir. İyileşme süresi uzun olmamakla birlikte en ideal zaman yarıyıl tatili veya yaz dönemidir. Ortalama 1 haftada yara yeri tamamen iyileşmiş, dikişler düşmüş olur.
